在一所名为“圣樱”的贵族高中里，流传着一个只有少数学生知道的“秘密教学”——每天午夜，地下室里会有一位神秘教授讲授“禁忌知识”，包括历史断层、生物改造和心灵控制。转学生林岁寒偶然获得邀请，他进入地下课堂后，发现这些知识竟能映射到现实中，而教授的真实身份是他失踪多年的父亲。他必须在“求知”与“良知”之间做出选择，而整个学校的秩序，可能因此崩塌。
林岁寒收到一封匿名信，信封里有一枚铜钥匙和纸条：“午夜钟响，地下三层，秘密教学等你。”他迟疑片刻，还是去了。
地下室里坐着十名学生，教授戴着面具讲述“记忆改写技术”。林岁寒看到黑板上的公式，竟与父亲手稿一模一样。
林岁寒趁教授转身时扯下他的面具，露出父亲的脸。父亲冷漠地说：“你既然来了，就得学完所有课程。”林岁寒惊怒交加。
教授要求学生互相进行“心灵链接”实验，林岁寒被迫与同学共享记忆，他看到学校理事长用学生做脑控实验的真相。
林岁寒联合几位同学偷走教授的资料，在校网公开。全校哗然，理事长连夜逃跑，父亲却笑着对他说：“你通过了我的考验。”
父亲坦白自己潜伏多年是为了搜集证据，学校整改后，他成了新任校长。他对林岁寒说：“秘密教学可以继续，但教的是真相和善良。”